La Capilla de San Nicolás o Capilla del Santo

El edificio más antiguo y el más noble del Monasterio de San Juan de Ortega, es la Capilla de San Nicolás de Bari. También se le conoce como "Capilla del Santo".

Fue construida por el mismo Santo para dar cumplimiento a una promesa. Cuando Juan llegó a estos parajes para hacer vida eremítica, construyó -con la autorización de doña Urraca- un sencillo refugio. Sirvió para acoger a algunos peregrinos y como casa de los primeros compañeros y familiares que vinieron a Ortega y se quedaron para ayudarle en su obra.
Regresando de Tierra Santa, una furiosa tempestad amenazó con hacer naufragar el barco que lo traía. Nuestro Santo se puso en oración y suplicó al Señor, por intercesión de San Nicolás de Bari, que los salvase del peligro. Respaldó su oración con la promesa a San Nicolás de edificarle una ermita. Se obró el milagro y Juan cumple su promesa. Rica o pobre, una vez terminada pudo traer a ella las numerosas reliquias que con tanto cariño reunió en los santos lugares. Entre ellas, la de San Nicolás de Bari, su abogado y protector. La pequeña capilla fue elegida para enterrar al Santo.

La Capilla de San Nicolás o Capilla del Santo, ocupa el lugar donde originalmente construiría San Juan de Ortega la capilla construida en honor de quien le auxilió en su regreso marítimo de la peregrinación a los Santos Lugares. Era el lugar donde depositaría las reliquias que trajo y donde, a su muerte en 1163, se dispuso el Sepulcro de San Juan de Ortega, que fue embellecido con el sepulcro románico de fines del siglo XII y aumentado con el baldaquino  construido en 1474.

El exterior de la Capilla, en la que vemos unas ventanas tardogóticas, tiene añadida una amplia fachada a manera de gran arco triunfal clasista que parece obra de hacia 1600. En 1909 se colocó ante su puerta una valiosa reja renacentista la cual se remata con escudo con las armas de Rojas y Avellaneda.

Dice la historia del Santuario que el año 1477 realizó una visita la reina Isabel la Católica, atraída por la fama del Santo y de los deseos de cesar en su esterilidad: "Al entrar en la Capilla del Santo, dijo al Obispo de Almería D. Juan de Ortega, que venía a su lado: ¡Que pobre está la Capilla! el Obispo la dijo. Si V. Alteza lo manda, yo la mandaré hacer. El Santo premió a la reina dándola sucesión después de siete años de deseos.

El interior es una amplia nave cubierta por tres bóvedas de crucería con nervios que nacen de los capiteles, que se adornan con claves con el escudo del Santuario, además de otra mayor en la cabecera con el escudo real que incluye la granada. El espacio interior está dividido actualmente por una reja dispuesta en el año 1547.

Preside hoy la estancia un retablo barroco, de mediados del XVIII, que es un relicario. En el centro se aprovechan dos relieves romanistas de finales del siglo XVII, uno representa a San Nicolás de Bari, con mitra y báculo  y a San Juan de Ortega, vestido como canónigo regular agustiniano. Otro relieve tiene a Santa Ana con la Virgen y el Niño. Remata el conjunto una pequeña imagen de San Jerónimo. Los armarios del retablo contienen reliquias tras sus puertas.

En su día esta capilla estaba llena de ex-votos, especialmente cuadros que narraban los milagros operados por intercesión del Santo.

A un lado permanece una tribuna elevada del siglo XVI, donde estaría el órgano contribuyendo a la liturgia musical de los jerónimos, en la que la oración y el canto coral constituía parte fundamental.

Aún se conserva la verja que protegía el baldaquino del Santo hasta 1963 que fue retirado de esta capilla junto con el sepulcro románico y el sepulcro con los restos del Santo.