En estos últimos años se han realizado varias actuaciones de restauración en la Iglesia por parte de la Consejería de Cultura y Turismo de la Junta de Castilla y León. Se han acometido obras en las cubiertas y fachadas logrando embellecer más el conjunto monacal. También se han realizado actuaciones consistentes en el traslado del Sepulcro con los restos del Santo desde la Cripta a la planta superior ubicándolo en el ábside izquierdo. Esto fue debido a la inundación que sufrió la Cripta en el año 2005.
Una vez atravesada la puerta de acceso a la Iglesia podemos observar como la luz y la blancura de la piedra iluminan y resplandecen de forma natural un conjunto de obras estructurales y monumentales.En una primera visión vemos el BALDAQUINO DE SAN JUAN DE ORTEGA.
El Baldaquino de San Juan de Ortega es de estilo gótico isabelino del año 1464 . En este baldaquino no descansan los restos del Santo. Se encuentra tallado con distintas escenas sobre la vida y milagros del Santo. Desde su viaje a Jerusalén, el milagro de los panes, la resurrección de un Peregrino, la cura de los ladrones que le robaban la destrucción del trabajo realizado por el Santo y la oración de los fieles ante el Sepulcro del Santo son parte de los detalles del sepulcro junto con las imágenes de seis santos que lo custodian.
Atravesando el Baldaquino y entrando en la zona de oración podemos contemplar el ábside central. Este, de estilo románico, no pierde su claridad gracias a las tres ventanas abocinadas y cerradas con alabastro.
En el ábside izquierdo podemos ver en un costado el retablo que narra la vida de San Jerónimo. Presidiendo el ábside encontramos la imagen de Santo Domingo de la Calzada , maestro del joven Santo. En este mismo ábside hoy se encuentra otro de los sepulcros dispuestos a San Juan de Ortega. Este de estilo románico también se encuentra sin utilizar. Esta magnífica pieza artística se considera de las más importantes dentro del arte funerario burgalés. En la tapa podemos ver la muerte del Santo y la ascensión del alma por dos ángeles. En el arca del sepulcro se puede ver a Cristo Pantocrator rodeado de los cuatro tetramorfos, Esta imagen de cristo se compone con las imágenes de los Apóstoles. Este Sepulcro no se llegó a terminar.
En el ábside derecho vemos el retablo de la Virgen y el purgatorio. El Sepulcro, que provisionalmente se encuentra en esta zona, es el de San Juan de Ortega. Un sepulcro sencillo, sin adornos, es el que custodia los restos de San Juan de Ortega. Los tres sepulcros se encontraban en la Capilla de San Nicolás. Estos fueron trasladados a la Iglesia en 1964, el Baldaquino en la parte superior y los dos Sarcófagos en la cripta construida para el traslado.
Hoy los dos Sarcófagos se encuentran en la planta superior por una inundación de la Cripta en Mayo de 2005. En este mismo ábside se encuentra una de muestras mayores joyas, el CAPITEL DE LA ANUNCIACIÓN.
Este capitel románico también denominado Capitel de la Navidad muestra en todo su esplendor la Anunciación del arcángel Gabriel arrodillado ante María anunciándola que va a ser madre de Jesús. El segundo motivo, la Visitación de la Virgen a su prima Santa Isabel, se ve como ambas se abrazan y como Isabel pone su mano en el vientre de su prima, detrás se encuentra una sirvienta. En el centro del capitel el Nacimiento, la Virgen se encuentra acostada atendida por dos parteras. Encima de Maria se encuentra el pesebre con el Niño Jesús. La figura de San José, sentado y con actitud adormecida con el Ángel el cual en sueños le explica el milagro del nacimiento de Jesús. Se termina el capitel con la Anunciación del Ángel a los pastores, este detalle es poco vistoso por su ubicación pero igual de simbólico que el resto.
Este capitel dos veces al año, coincidiendo con los equinoccios de primavera y otoño, un rayo de luz lo ilumina de forma sorprendente comenzando con la Anunciación del Ángel a Maria y terminando con el nacimiento. Este fenómeno ocurre el 21 de marzo a las 6 de la tarde y el 22 de septiembre a las 7 de la tarde.
Queda mucho por definir sobre la IGLESIA, pero será mejor que con estos pequeños datos se acerquen a conocer personalmente esta maravilla.
